La boutique B&E Goulandris est située au rez-de-chaussée de la Fondation B&E Goulandris, à côté de la réception. La boutique propose une large gamme de produits exclusifs et personnalisés, notamment des objets utilitaires et des objets d'art, des œuvres d'art et des gravures en édition limitée, des livres et des catalogues d'exposition, des accessoires pour la maison, des bijoux, du matériel de bureau et des cadeaux d'entreprise.